甘肃农业职业技术学院作物育种工程中心主要开展小麦、胡麻及中药材新品种选育及栽培等科研工作，科研团队有研究员1人，教授2人，副教授6人。

作物育种工程中心现有分子育种实验室、种子实验室、胡麻种质资源室、中药材检测实验室，拥有体式荧光显微镜、凝胶成像系统、近红外分析仪、CO₂萃取仪等重要科研仪器，可开展分子育种、中药材成分提取等多项等系列试验。

从上世纪六十年代以来，中心先后育成天农系、卫东系、清山系、清农系、兰天系等冬小麦品种60多个、春小麦品种7个、胡麻品种12个，累计示范推广面积达9300多万亩，新增经济效益约25亿元。

多年来，作物育种工程中心承担多项省级、厅级及学院科研项目，先后有27项育种成果及相关研究获科技成果奖，其中国家奖2项，省部级奖21项，丰产多抗早熟胡麻品种天亚号9获2017年甘肃省科技进步三等奖。近五年育成甘育系春小麦品种4个，天亚系胡麻品种2个，制定甘肃省地方标准3项，在国家核心期刊发表论文20余篇。