甘肃农业职业技术学院新区校区位于兰州新区牡丹路1999号，占地面积200亩。主要依托中国西北马铃薯良种繁育中心开展以马铃薯新品种选育、种薯繁育、土壤改良、日光温室升级改造、农作物生长周期营养分析为内容，以学生实践教学为目标，以国际交流合作为提升，对标产业发展前沿，围绕真实生产、实践教学、国际交流、社会培训和技术服务功能为一体，竭力发挥实践中心设施功能，联合“专精特新”企业服务实践教学，建设“校中厂、厂中校”式的开放型产教融合实践中心。

新区校区以开放的姿态广泛开展校政行企合作共建，目前与甘肃省秦王川农业高科技示范基地管理办公室、甘肃农业大学农学院、天赈裕民（兰州）生态科技集团有限公司、甘肃博特林德节能科技有限公司、甘肃瑞盈热力有限公司开展了一系列卓有实效的合作共建。

    新区校区现有科研建筑工程9506.24㎡，其中：综合实验楼2839.68㎡，科研示范推广中心2195.04㎡，专家工作站2550.12㎡，职工公寓1921.4㎡；农业设施工程49898.59㎡，其中：智能温室5188.27㎡，日光温室17474.8㎡，拱形网室23877.44㎡，种薯贮藏窖3358.08㎡；购置安装了仪器设备425台（套）。