畜牧兽医系是学院传统优势教学系部之一。积极践行学院办学宗旨，紧密对接畜牧产业发展，面向生产、服务、管理第一线，积极探索适合于畜牧兽医类专业教育教学体系，全面提升人才培养工作水平，为社会培养出具有创新精神和创新能力的中高级技术型、应用型畜牧兽医专业人才。
根据现代畜牧业发展对人才的需求和未来就业趋势，畜牧兽医系现设畜牧兽医、动物防疫与检疫、动物医学3个专业。其中，畜牧兽医专业是学院特色专业。多年来，本系坚持以就业为导向，加强人才培养体系和课程建设，大力推进教学改革和学生的“创新创业”教育工程，积极践行“产教融合、校企合作、系县合作、工学结合”的人才培养模式。现已建成4门院级精品课程；10名教师承担了教育部、农业部21世纪国家高职高专规划教材的主编、副主编及编者的编写任务，累计编写教材28部。专业教师在各级学术刊物上发表学术论文100余篇。自2011年以来，承办历届甘肃省中职动物外科手术大赛项目。指导学生参加全国高等职业院校“上海种业杯”动物外科手术项目技能大赛先后获得一等奖和三等奖。
畜牧兽医系始终将教科研与社会服务工作作为助推学科发展的重要动力。主持参与“甘肃省黑猪合成系培育及其利用的研究”、“藏獒犬重组干扰素抗犬瘟热病毒感染效力研究”等12项教科研项目。其中，6项教研成果先后获得甘肃省教育厅级奖；3项科研成果先后获得省部级、厅级各类奖励；承担教育部资源库建设项目1项。结合专业优势，积极开展职业农民培训。先后在定西市和广河县等地区开展“省教育厅‘双联双提升’养殖技术培训班”的培训工作，为服务“三农”和推动地方经济发展做出了应有贡献。
畜牧兽医系现有专任教师16人，其中教授1人，副教授4人，讲师 7人，实验师1人；4人具有高级技师资格，8人具有技师资格，硕士学位教师人数达到85%以上。聘请畜牧生产一线具有丰富生产实践经验的兼职教师3人，“双师型”教师达80﹪以上；10位教师具备农业特有工种职业技能鉴定高级考评员、考评员资格。在读博士3人。校外兼职教师10人，客座教授3人。3人分别获得甘肃省师德先进个人、甘肃省青年教师成才奖、甘肃省省直机关岗位能手荣誉称号。2016年畜牧兽医专业教学团队被省教育厅评为“甘肃省高等学校省级教学团队”。
具备体现职业教育特色的实习实训条件。在学院和平校区农业示范园，校企共建了占地面积20000平方米（30亩）的甘肃农业职业技术学院种羊场繁育基地。配套建设一栋牛舍及诊疗棚。现有兰州军区寺儿坪、白银同仁家禽养殖有限公司、甘肃省天辰牧业有限公司等40余处校外实训基地，能满足学生养牛与牛病防治、养猪与猪病防治等课程的综合实训和顶岗实习。已建成医疗设备齐全、诊疗水平较高的宠物诊所，为培养高素质技能型专门人才提供了良好的教学实训条件。
——坚持法制教育。规范管理行为，坚持管理与加强教育相结合，不断提高管理水平和教育质量。成立安全法制督察小组，系主任、教研室主任、任课教师三级联动，将学生的安全法制教育贯穿于整个教学实践过程中。
——坚持活动育人。充分发挥青年志愿者协会、宠物之家、太极社团等社团的积极作用，加强学生健全人格养成教育，大力提高德育工作水平，定期举办丰富多彩的校园文化活动和校内外服务活动。
——扶持创业孵化。创建了“富硒有机肉蛋鸡年两批次立体生态养殖”、“宠物养护与经营创业孵化”和“湖羊种羊场线上线下销售及服务一体化创业模式孵化”等多个师生创业创新孵化基地。
——就业前景广阔。随着绿色产业的发展，养殖业的科学饲养和管理与绿色产业的发展密切相关。毕业后可参与国家组织的单招及高考，升入大学深造学习。2010年、2011年、2012年、2013年参加甘肃省基层畜牧兽医招考的毕业生录用比例分别达到33%、50.6%、70%、58%。历届毕业生中获取自学考试本科学历的人数超过30%。毕业生100%参加专业对口的顶岗实习，毕业生首次就业率70%以上。
——优秀毕业生。截止目前，已有10余名毕业生获取或者正在攻读硕士学位,1名毕业生2016年考取华南农业大学动物医学院兽医博士。数以千计的毕业生已在工作岗位上成长为技术骨干和业务精英。涌现出了许多成功自主创业的优秀毕业生，为在校生树立了典型榜样。
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